Zadnje desetljeće 19. stoljeća vrhunac je brojnosti židovske zajednice u Križevcima i u tom se razdoblju broj članova kreće između 230 i 245 osoba. Na svečanoj skupštini židovske općine 18. studenog 1894. godine, njen predsjednik Marko Breyer iznio je i službeni prijedlog o izgradnji sinagoge, a za potrebe izgradnje kupljeno je i zemljište južno od tadašnje bogoštovne općine. Novčanu pomoć za izgradnju sinagoge dali su brojni donatori, a financiranje su pomogli i Kraljevska hrvatsko – slavonsko – dalmatinska zemaljska vlada, gradsko zastupstvo Križevaca, Dionička štedionica u Križevcima i Prva hrvatska štedionica u Zagrebu.
Ugovor s graditeljima, tvrtkom Hönigsberg & Deutsch, sklopljen je krajem 1894. godine, prvi radovi su započeli 1. travnja 1895. godine, a kamen temeljac postavljen je 14. svibnja 1895. godine, uz posvećenje križevačkog rabina Lavoslava Löwa. Izgradnja je trajala iznimno kratko, tek pet mjeseci i nova je križevačka sinagoga dovršena i posvećena 16. rujna 1895. godine, uz prisustvo velikog broja Križevčana, kao i predstavnika židovskih općina iz Zagreba, Bjelovara, Koprivnice, Slavonskog Broda, Krapine, Ludbrega, itd. Nova je bogomolja izgrađena u kombinaciji neorenesansnog i neoklasicističkog stila. Sljedećih gotovo pola stoljeća sinagoga je bila središte vjerskog, ali i društvenog života ugledne židovske zajednice u Križevcima.
Kako je Židovska bogoštovna općina u Križevcima tijekom Drugoga svjetskog rata potpuno nestala, Savez jevrejskih veroispovednih opština FNRJ sklapa 1949. godine s kotarom Križevci kupoprodajni ugovor za sinagogu i susjednu „rabinovu“ kuću, kojom grad Križevci otkupljuje te dvije zgrade za 150.000 tadašnjih dinara, uz obavezu da će do kraja godine urediti u ratu uništeno novo židovsko groblje.
U prvoj polovici ’50-ih godina prošlog stoljeća sinagoga se preuređuju u socrealističkom stilu, pri čemu su uklonjeni svi arhitektonski ukrasi s pročelja, zazidan glavni ulaz te napravljen novi bočni ulaz. Arhitektonski devastirana zgrada sinagoge, sada pod novim nazivom Omladinski dom, ipak ostaje središte kulturnog i društvenog života grada. Između 1967. i 1985. godine u prizemlju sinagoge djeluje križevačka Gradska knjižnica, a od 1971. godine povremeno djeluje križevačko kazalište. U njoj je, također smještena Zajednica tehničke kulture te brojne udruge.
Godine 1984. obnovljeni su krovište i fasada, a tijekom 2014. godine Sinagoga je temeljito preuređena za potrebe Turističko-informativnog centra.
